菠菜常见病虫害有霜霉病、病毒病、根结线虫病、茎枯病、心腐病、猝倒病、炭疽病、叶斑病、蚜虫、潜叶蝇、蛴螬等。菠菜霜霉病可在播种前用50%福美双可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.4%。越夏菠菜易发生猝倒病、霜霉病、细菌性腐烂病等病害和白粉虱、美洲斑潜蝇等虫害。一般在播种后第五天用大生600倍+霜霉威600倍液喷1次，第12天再用大生和霜霉威喷1次，第20天和第28天用克露600倍+阿维菌素+农用链霉素各喷1次，第35天再用大生+霜霉威+农用链霉素喷1次，这样可控制病害的发生，预防病毒病，注意灭虫，防止昆虫传播。