南瓜猝倒病由瓜果腐霉菌和疫霉菌引起，病原菌以卵孢子在土壤中越冬，通过卵孢子和孢子囊从幼苗茎基部侵染发病。卵孢子和菌丝在土壤中的病残体能存活1年以上。
南瓜褐腐病的病原以菌丝体随病残体在土壤中越冬，腐生性强。春天侵染花和幼果，只能从伤口侵入，可借风雨或昆虫传播。
南瓜绵腐病的病原以菌丝体随病残体在土壤中越冬，腐生性强。春天侵染花和幼果，只能从伤口侵入，可借风雨或昆虫传播。该病主要感染南瓜果实，染病后会在果实表面出现水渍状斑点，后期扩展为黄色或褐色水渍状大病斑，果实腐烂，潮湿环境下还会长出茂密的白色絮状菌丝体。病菌广泛长期存活于土壤里或病残体上，侵染果实时，靠雨水溅射到接近地面的瓜上，侵入后形成绵腐，再不断重复侵染，结瓜期阴雨连绵，湿气滞留易发病。