南瓜疫病是由真菌侵染引起的病害，主要危害南瓜的幼苗、藤蔓、叶片和果实。叶片发病时，会出现退绿色的病斑，后期病斑扩大导致叶片萎蔫并腐烂，同时叶片上会出现霉层。果实发病时，未变色的南瓜侧面会出现深绿色小斑点，后期斑点扩散，干燥时南瓜会萎缩，雨后则腐烂并出现白色霉层。
该病的病原菌在土壤中越冬，借助风雨传播，侵入南瓜。病菌发育的适宜温度范围为5～37℃，最适宜温度为28～30℃，高湿是发病的决定性因素。雷雨过后，田间积水不能及时排出或施用未腐熟的农肥、追化肥时伤根严重，都会导致发病。
在北方寒冷地区，病菌以卵孢子在病残体和土壤中越冬，种子不能越冬，菌丝因耐寒性差也不能成为初侵染源。在南方温暖地区，病菌主要以卵孢子、厚垣孢子在病残体、土壤及种子上越冬，其中土壤中病残体带菌率高，是主要初侵染源。条件适宜时，越冬后的病菌经雨水飞溅或灌溉水传到茎基部或近地面果实上，引起发病。重复侵染主要来自病部产生的孢子囊，借雨水传播为害。
田间25~30℃，相对湿度高于85%时发病重。一般雨季或大雨后天气突然转晴，气温急剧上升，病害易流行。土壤湿度95%以上，持续4~6小时，病菌即完成侵染，2~3天就可完成一代。易积水的菜地，定植过密，通风透光不良，发病重。