辣椒茎基部及根部长有白色绢丝状菌丝体，近地面土表有白色霉层，病部为水渍状褐色略凹陷病斑，皮层会腐烂，维管束变色。病斑初期呈水渍状，随后逐渐扩大至暗褐色，稍凹陷，病斑上有白色绢丝状菌丝体，集结成束，向四周和上部呈辐射状延伸，逐渐蔓延至相邻的植株，引起传染。受害后皮层腐烂，可见到稀疏的白色菌丝，露出木质部。后期被害处出现许多油菜籽粒状的菌核，其颜色由淡变绿，最后呈茶褐色。天气潮湿时，菌丝体会扩展到根部周围和地表的土隙中，并产生菌核。植株地上部受害后，表现为最下部叶片开始变黄或萎蔫，以后全株枯死，死亡的植株仍直立。主要为害茎基部，初病茎基部暗褐色，其上长出白色绢丝状菌丝体，呈辐射状扩展，四周尤为明显，后期在病部菌丝上产出褐色白菜籽状小菌核，湿度大时，菌丝体在地表向四周扩散，也产生褐色至深褐色小菌核。