辣椒黑霉病的病原菌为匍柄霉菌，葱叶枯匐柄霉，属半知菌亚门真菌。病菌随病残体在土壤中越冬，翌年产生分生孢子进行再侵染。病菌喜高温、高湿条件，多在果实即将成熟或成熟时发病。湿度高时叶片也会发病。
在寒冷地区，病原以丝体或分生孢子在植株病残体上或土壤中越冬，翌年春天以子囊孢子作为初侵染源进行侵染，而后产生分生孢子，借风雨、气流在田间传播蔓延，分生孢子从伤口侵入。在温暖地区，主要靠分生孢子反复侵染蔓延。温暖多湿、连阴雨、植株生长衰弱、连作田和低畦地易发病。
辣椒黑霉病病害附着在种子上进行侵染，严重影响辣椒作物的生长。病菌腐生性强，借空气、土壤传播。