大蒜的主要病害包括紫斑病、叶枯病、锈病、花叶病、细菌性软腐病等。真菌性病害主要有叶枯病、叶斑病、锈病、灰霉病、白腐病、菌核病。病毒病害有花叶病。细菌性病害主要为软腐病。线虫病害不常见。蒜蛆、蓟马、蚜虫、蛴螬是大蒜的主要虫害。