危害木耳的主要害虫有伪步行虫、线虫、蚂蚁、蓟马、菇蚊、马陆、蛞蝓和螨类等，这些害虫或咬食耳片，或咬食菌丝，或蛀食耳木，造成危害。同时，由青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病也对木耳的生长构成威胁。
