防治大蒜蒜蛆最有效的方法是灌根。4～5月份是大蒜蒜蛆的危害盛期，也是大蒜水肥管理的关键时期。结合追肥浇水，每亩可用35%辛硫磷微囊悬浮剂520-700毫升进行灌根。辛硫磷微囊悬浮剂将药剂包裹在微囊内，在土壤中缓慢释放，不仅速效性好，持效期也大大延长，同时降低了农药毒性。
在大蒜整地施肥时，每亩用1%噻虫胺颗粒剂3000～4000克，加充分腐熟的有机肥30～50公斤，拌均匀后撒施，耧平后进行播种。噻虫胺遇水能快速溶解，均匀分布在大蒜幼苗根系周围，被根系吸收后传输到幼苗的各个部位，有效阻止蒜蛆幼虫的危害，同时还可兼治蛴螬、金针虫等地下害虫。