羊口蹄疫的预防主要以疫苗为主，目前羊口蹄疫的疫苗已经比较成熟，冬季和春季一定要注意做好口蹄疫疫苗接种。圈舍卫生环境一定要做好，定期做好消毒工作。
无病地区严禁从有病国或地区引进动物及动物产品、饲料、生物制品等，来自无病地区的动物及其产品，也应进行检疫。检出阳性动物时，全群动物销毁处理，运载工具、动物废料等污染器物应就地消毒。
无口蹄疫地区一旦发生疫情，应采取果断措施，对患病动物和同群动物全部扑杀销毁，对被污染的环境严格、彻底消毒。口蹄疫流行区坚持免疫接种，用当地流行毒株同型的口蹄疫弱毒疫苗或灭活疫苗接种动物，由于牛、羊的弱毒疫苗对猪可能致病，安全性差，故目前已改用口蹄疫灭活疫苗。
当动物群发生口蹄疫时应立即上报疫情，确定诊断，划定疫点、疫区和受威胁区，实施隔离封锁措施，对疫区和受威胁区的末发病动物进行紧急免疫接种。
免疫程序种公羊、后备母羊每年接种疫苗3次，每间隔4～6个月免疫1次；生产母羊在产后1个月或配种前，约每年的3月、8月各免疫1次；羔羊28～35日龄时初免，间隔一个月后进行一次强化免疫，以后每隔4～6个月免疫一次。