未经处理发酵的鸡粪含有很多对栽培不利的物质。首先，抗生素会进入土壤杀死微生物，破坏土壤微生物体系，降低土壤活性。其次，鸡粪在土壤中分解时消耗大量氧气，造成土壤暂时缺氧，抑制作物生长。此外，鸡粪中含有铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属和激素残留，直接使用会导致农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，同时有机物向腐殖质转化时间长，养分流失严重。最后，发酵不彻底的鸡粪在适宜条件下会继续发酵，产生的热量会导致烧苗、烂根、黑根、黄叶、黄化，严重时植株死亡。过去鸡粪不处理或简单处理是因为饲料中未添加大量抗生素和重金属添加剂。