秋季雨水增多，水温适宜，水质稳定，是鱼体生长最快的阶段。但秋季又是鱼病高发季节，黄鳝养殖户必须注意病害防治，稳固养殖效益。黄鳝常见且危害严重的病害有以下几种：
肤霉病
由于饲养密度过大和饲料不足，导致黄鳝互相残杀致伤，感染霉菌引起。病鳝烦躁不安，体表长有白色棉霉状菌丝状物，很少摄食，体质瘦弱，最后大量死亡。
防治方法：每立方米可用2克甲基蓝全池泼洒，每天1次，连续3天。
腐皮病
病鳝常将头部伸出水面，体表出现大小不一的充血红斑，呈圆形、椭圈形或梅花形黄黑色斑纹，尤以腹部两侧居多，严重时表皮腐烂，形成不规则小洞。
防治方法：每立方米可用有效氯30%的漂白粉1克全池泼洒，每天1次，连续3天；或全池泼洒红霉素水溶液，每立方米20万单位，隔天1次，连续3天。
寄生虫病
主要是毛细线虫侵入鳝体肠道引起，造成肠壁黏膜组织坏死。病鳝体质瘦弱，食量锐减，严重时有挣扎性滚动、窜游。
防治方法：用90%晶体敌百虫5克拌豆饼3公斤做成药饵内服杀虫。
发烧病
由于放养密度过大，病鳝表现烦躁不安，互相纠缠，头部肿大，体表黏液积聚发酵。
防治方法：每立方米可用0.07%的硫酸铜溶液50毫升泼洒全池；或放入少量泥鳅吃掉残饵，减少黄鳝纠缠。
肠炎
黄鳝吃了腐败变质食物导致消化道感染。病鳝反应迟钝，食欲减退，解剖可见肠内充满黄色脓血状黏液。
防治方法：用磺胺咪5克加抗坏血酸盐0.5克拌料投喂，连喂3天。