影响鱼病治疗效果的因素有以下几个：首先是水温，通常水温越高，药效越高。其次是水质的PH值，当PH值大，即水质呈碱性时，会增加如敌百虫、硫酸铜等药物的毒性；而PH值小，即酸性水质，则会减弱漂白粉等消毒剂的效果。接着是水的肥度，水中有机质多的肥水会降低药物的效果，因为有机质能与漂白粉、硫酸铜、高锰酸钾等药物发生反应，降低药效，而溴制剂、碘制剂等受影响较小；水中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等污染物也会影响药效。再则是用药量，用药量少无法达到治疗浓度，效果差；用量过多则可能超出鱼类的承受范围，导致中毒或应激。用药次数也是一个因素，未完成一个疗程的治疗会导致治疗效果差，鱼病容易复发。药物溶解不全或泼洒不均也会影响效果，药物未充分溶解达不到治疗浓度，泼洒不均在局部浓度低时无效，过高则伤害鱼类。未对症用药，即未能准确确定致病因素而随意用药，同样会影响治疗效果。最后是抗药性问题，长期使用同一种药物可能导致病原体产生抗药性，从而降低治疗效果。