由于小龙虾对病害的抵御能力较强，一般不会生病，但当其被人工精养后，很多不确定因素容易引起疾病。如前几年在盱眙县沿淮片乡镇小龙虾养殖塘口出现了近千亩连片的白斑病，很多养殖户损失惨重。究其原因，小龙虾养殖一定要做好疾病预防工作。
第一、对池塘进行清塘消毒，每亩用生石灰80～160公斤全池泼洒，彻底杀死各种敌害和病原微生物。
第二、在5～9月份养殖过程中，每隔10～15天用生石灰或氯制剂全池泼洒，有效杀灭病原体。
第三、7～8月份高温时提升水位至1.2米左右，降低水体温度，为小龙虾提供适宜的生长环境。
第四、养殖中后期要防止有机物过度积累，使用生物制剂、EM菌调节水质和改善底质，通过生物拮抗抑制病原微生物滋生。
第五、加强日常巡查，发现异常及时排查诊断，对症处理。同时清除死虾，防止病害扩散。