在河蟹养殖过程中，病害防治要始终坚持“预防为主，防治结合、防重于治”的原则。首先要抓好干塘后的清整消毒工作，一般在12月至翌年元月份进行。池塘淤泥较深的塘口，需清理淤泥及修整环沟，然后使用生石灰或漂白粉进行药物消毒。生石灰的用量为100公斤～150公斤/亩，漂白粉为20公斤～50公斤/亩。
养殖过程中，应在河蟹脱壳后适时进行杀虫消毒，一般一个月左右一次，以杀灭纤毛虫病、鳃病、烂肢腐壳病等。特别是第三次脱壳期，通常在5月下旬至6月上旬。6月底进入梅雨季节，湿度大、温度适宜、光照不足，有利于有害病菌繁殖，因此需要连续1次～2次消毒。
5月～6月份，应在饵料中拌服2个～3个疗程的防病内服药，如预防肠炎、抖抖病的药物，疗程一般为5天～7天。进入高温季节，防病工作重点在于维护池塘良好的生态环境，定期使用微生态制剂，使水体内有益菌形成优势种群，抑制病菌繁殖。
在药物使用上，严禁使用国家规定的禁用药物，并考虑水产品的休药期。在养殖后期尽量不使用药物，确保河蟹质量安全。