亚硝酸盐是氨转化为硝酸盐过程中的中间产物。在养殖水体中，由于大量投饵残留的饲料、水生动物排泄物累积以及消毒剂的使用导致有益和有害细菌被大量杀灭，加上氧气供应不足，造成氨消化过程受阻，从而形成水体中氨氮和亚硝酸盐含量偏高的问题。
当水中亚硝酸盐浓度积累到0.1mg/l时，会对养殖的鱼、虾、蟹产生危害。其作用机理主要是通过呼吸作用由鰓丝进入血液，导致红细胞数量和血红蛋白减少，血液载氧能力降低，出现组织缺氧。此时水生动物会出现摄食减少、鰓组织病变、呼吸困难、躁动不安或反应迟钝，进而可能因缺氧而窒息死亡。
当养殖水体中氨氮含量超过0.2mg/l时，氨氮将对鱼、虾、蟹造成危害，其毒性与亚硝酸盐类似。需要特别注意的是，氨氮的毒性作用与池水的pH值及水温密切相关，通常情况下，温度和pH值越高，毒性越强。