牛细菌性肾盂肾炎的主要病理变化在肾脏组织中。炎症引起的肾小球病变是该疾病最为常见的病理表现之一。炎症细胞浸润导致肾小球毛细血管壁的充血和水肿，继而发展为肾小球袢壁的坏死和破裂。这种病理变化会引起肾小球滤过功能的下降，从而导致尿液中蛋白质、红细胞等物质的排泄增加。牛细菌性肾盂肾炎还会对肾小管造成明显的损伤。炎症引起的肾小管上皮细胞的坏死和脱落，导致肾小管功能的丧失。这种病理变化会使尿液中的废物和毒素排泄减少，引起尿液的浓缩能力下降和酸碱平衡的紊乱。此外，牛细菌性肾盂肾炎还会对肾间质和肾盂产生一定的损害。炎症细胞的浸润和破坏会导致肾间质的纤维化和增生，进而影响肾脏的结构和功能。同时，炎症还会引起肾盂的炎性水肿和溃疡形成，严重时还可能发展为肾盂脓肿。
