对于木耳的病虫害防治应贯彻“以防为主、综合防治”的原则。
一、主要病害防治
主要病害有各种霉菌和流耳病。
1.在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时适当提高PH值，可加2%—3%的生石灰。
2.接种前要对接种箱或室、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药品等，每立方米用甲醛10毫升和高锰酸钾5克或用保菇王每立方米3—4克熏蒸消毒。
3.培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100℃开始计算，要维持8—12小时，以保证灭菌彻底。
4.经常检查，发现感染的菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥。
5.菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可划开有杂霉部位的塑料袋，在杂菌部位上撒上菌绝杀粉或多菌灵溶液喷洒消毒。
6.及时清理残耳，并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
7.对于流耳病，除搞好预防之外，可用25单位/毫升浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾。
二、主要虫害防治
主要虫类有：蚊虫、蝇类、蛞蝓、跳虫等。
1.搞好环境卫生，消灭越冬虫源。及时处理废料和污染袋，彻底消除棚室内及四周的垃圾及其它易腐败物质，地面撒一层石灰。
2.防止蚊、蝇等成虫入内，发菌室装纱窗纱门，成虫高峰期每隔3—5天在窗门纱上用80%的敌敌畏500倍液或用50%可湿性敌百虫1斤，加水500公斤喷洒。
3.诱杀。（1）糖醋液（白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋4份）放入瓷盘中，再滴入几滴敌敌畏或敌百虫置于发菌室或栽培室内诱杀跳虫成虫。（2）用黑光灯或变通白炽灯诱捕成虫灯下置一盘废耳或肥料浸出液，加上几滴敌敌畏诱杀蚊、蝇。
4.蛞蝓可人工捕杀也可用砒酸钙（50：1）拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀；用甲基臭熏蒸可以杀死线虫，浓度为600毫克/升。栽培室发生跳虫，可喷施除虫菊酯防治。