黑木耳木屑袋栽现存的主要问题是霉菌污染。这是因为耳筒缺少像段木树皮的保护层，像香菇菌筒的菌皮层，因此，才会导致病菌感染。
另外，黑木耳菌丝纤细，缺乏像香菇菌丝的强壮及抗逆能力，又因黑木耳是胶质菌，在出耳芽以及出耳阶段，如果温度湿度管理不善，通风不良，容易招引致病虫害。因此，我们采用不搭建阴棚，不用薄膜覆盖的露地栽培法，是解决通风、降湿的有效措施，又可避免杂菌及虫害的滋生机会。
适当安排出耳时间；在早春气温、湿度、空气等优越条件都偏于黑木耳生长，使耳筒高产、优质得到了保证，使黑木耳代料栽培取得突破性的进展，产量得到稳定；用科学方法扎出耳孔，使菌筒受刺激不损伤，出耳均匀而整齐，采摘木耳不带杂质。早春雨水调匀，出耳早，转潮快，无病虫害，不须喷洒农药，管理简单易行。