辣椒立枯病是最重要的苗期病害，主要影响出土后的稍大幼苗。病苗茎基部产生椭圆形褐色病斑，逐渐凹陷并扩展，最终绕茎基一周，导致病部缢缩、干枯，有时上方膨大，形成上大下小的棒槌状。病苗初呈萎蔫状，后逐渐枯死。湿度大时，病部常长有稀疏的淡褐色蛛丝状菌丝体，并形成微小褐色米粒状菌核。根部腐烂，呈深褐色或黑色。幼茎或茎基部产生椭圆形暗褐色病斑，病部收缩细缢，茎叶萎垂枯死；稍大秧苗白天萎蔫，夜间恢复，当病斑绕茎一周时，秧苗逐渐枯死，但不呈猝倒状。
