病初临床症状不明显，当病程逐步延长病症才逐渐显露。结核病的潜伏期长短不一，短则十几天，长则达数月甚至数年。临床以肺结核、乳房结核和肠结核最为常见。
肺结核以长期顽固性干咳为特征，而且以清晨最为明显。患畜容易疲劳，逐渐消瘦，病情严重者可见呼吸困难。
乳房结核通常先是乳房淋巴结肿大，继而后方乳腺区发生局限性或弥漫性硬结，硬结无热无痛，表面凹凸不平。泌乳量下降，乳汁变稀，严重时乳腺萎缩，泌乳停止。
肠结核病牛消瘦，持续下痢与便秘交替出现，粪便常带有血液或者浓汁。病程呈慢性经过，表现为进行性消瘦，咳嗽、呼吸困难，体温一般正常。