自然因素热带鱼饲水的水温、酸碱度、化学成分、有害物质和溶氧量等常会发生变化。如果这些因素的变化超出了鱼体所能忍受的范围，则热带鱼就会发病，甚至死亡。
如水太浑浊，溶氧量不足，鱼类就会出现缺氧的浮头现象，时间一长，会因严重缺氧而窒息死亡。又如当水温低于热带鱼忍受的极限时，很快就会导致死亡。若是短时间的低温或水温不适，即使不会发生死亡，也会严重损害鱼体的健康，诱发鱼体患病。若因日常换水时新旧水温相差明显，也会诱发鱼体感冒。
有的因光线不足，也会引起鱼体新陈代谢紊乱，体色异常，体表粘液增多，为真菌、寄生虫的粘附寄生提供条件，久而久之就会很容易发生各种病症。