最常用的药物是抗菌药物。由于痢疾主要由细菌感染引起，抗菌药物可以有效抑制病原菌的生长和繁殖。常用的抗菌药物有氟喹诺酮类、β-内酰胺类和磺胺类药物等。使用抗菌药物治疗痢疾时，应根据肉牛的具体情况和病原菌的耐药性选择合适的药物。
除了抗菌药物，肉牛还可以使用抗炎药物来治疗痢疾。痢疾病变主要表现为肠道炎症反应，抗炎药物可以有效控制炎症反应，减轻症状和促进肉牛的康复。常用的抗炎药物有糖皮质激素类、非甾体抗炎药等。
此外，对于重症肉牛和病情严重的肉牛，还可以使用免疫调节剂来治疗痢疾。免疫调节剂可以增强肉牛的免疫力，提高机体对抗病原菌的能力。常用的免疫调节剂有干扰素、胸腺肽等。这些药物可以通过调节机体的免疫功能，增强机体的防御能力，从而加速康复过程。